提高 Python 程序的运行速度

1000 * 130000 * sizeof(float)

约 520M 左右。

最初用Python的list存储，动态扩展列表大小，结果内存用到近3G还没初始化完成，只好赶紧kill掉了。

 改用 NumPy 存成固定数组的类别，发现内存使用量和计算结果基本一致，而且NumPy支持数组的数学计算，确实方便了不少，但即便如此，性能仍不够理想，K-Means算法第一次迭代花了一个小时还没完成。

怀疑K-Means算法的pearson距离计算时间较长（没有用profile工具论证过），用 Cython 重新改写了该算法，并尽可能缓存计算中间结果。第一轮迭代耗时1个多小时，算是有了进步。

 由于K-Means算法费CPU较多，改写了计算逻辑，用multiprocessing模块并行计算，在4核的CPU上速度提升了4倍，第一轮迭代花了约30分钟。但multiprocessing需要fork多个进程，每个进程的内存使用量均在600M上下想，4个进程占用了2.4G内存，代价有些大。而且计算结果在不同的进程间传递，性能开销也是存在的。 multiprocessing + 共享内存可以解决这个问题，但Python的数据结构不好表示。

继而想到写C的动态链接库，用Python的ctypes模块调用该动态链接库完成计算过程，C的动态链接库则创建系统线程，这样能有效躲过Python的GIL。问题是C代码有时候确实需要访问Python的数据对象，这只能通过Python的C扩展模块实现了，但C的扩展模块能访问ctypes的原始C指针吗？如果只能通过Python的C API访问，则GIL是绕不开的，我们的目标是尽可能少地锁住Python虚拟机。

解决办法是修改Python的ctypes源码，让它导出函数 addressof 的C API，这样在其他的C扩展模块里就能拿到ctypes的原始数据块指针。addressof的返回结果是一个long的PyObject包装对象，通过 PyLong_AsVoidPtr调用即可获取其值。

因此最后的解决办法是下载Python的源码，修改模块_ctypes的源码，通过Capsule导出C API。继而编写Python的C扩展模块，创建线程池，直接操作ctypes定义的数据内存。由于Python数据结构是非线程安全的，访问它们仍需获得GIL，但用到的可能性很小。程序的主体逻辑仍由Python代码构造，包括必要的ctypes数据结构。

代码改写后一次K-Means迭代不到一分钟就完成了，4颗CPU全跑满，内存仅占用600M左右，跟预期完全一致。

总结

• Python大多数时间能如我们预期那样工作
• 涉及到数值计算和海量循环，Python表现极其糟糕
• Cython + NumPy 可解决部分计算问题和内存问题，但GIL无法避免
• multiprocessing能解决SMP/GIL问题，但内存问题解决不了，也许共享内存+ctypes是个办法，没尝试过
• ctypes + C的动态链接库创建系统线程能解决GIL和内存共享问题，但无法在C中操作Python对象
• ctypes + Python C扩展意义不大，因为C扩展无法直接操作ctypes的数据指针
• 改写后的ctypes + Python C扩展解决了性能和内存消耗问题
• ctypes数据类型能被msgpack之类的工具快速序列化到磁盘，但恢复的时候只能恢复成list类型，这可能是美中不足的地方。